Pendant cette deuxième période, malgré une organisation défectueuse, Montpellier eut des anatomistes qui ont fait des découvertes et publié des ouvrages remarquables. De tels hommes ne manquaient pas à Montpellier : Cabrol, André du Laurens (1558-1609) étaient des anatomistes.

Pecquet (1622-1674) était étudiant à Montpellier quand il découvrit la citerne qui porte son nom (1647). Chirac (1648-1732) qui devint professeur de médecine en 1687, avait fait des leçons d’anatomie avec talent ; il a laissé sur la structure des cheveux (1688) un petit livre fort curieux et il était un de ceux qui connaissaient le mieux l’anatomie dans l’école.

Vers la même époque, en 1684, Raimond Vieussens (1641-1716) disséqua plus de 500 cadavres et publia un magnifique traité sur l’anatomie du système nerveux. Cet infatigable chercheur était né dans un village du Rouergue ; après avoir fait toutes ses études médicales à Montpellier, il devint, en 1671, médecin de l’hôpital Saint Éloi. Il n’obtint pas le titre de professeur, mais il enseignait l’anatomie. Le nom de Vieussens est d’ailleurs restés attaché à plusieurs parties de l’encéphale. La  » Nevrographia universalis, hoc est, omnium humani corporis nervorum, simul ac cerebri medullae que spinalis descriptio anatomica  » est l’œuvre capitale de Vieussens. Il a publié d’autres travaux, parmi lesquels le traité  » sur les vaisseaux du corps humain  » (1705), un autre  » sur la structure du cœur et les causes du mouvement naturel du cœur et un autre sur la structure de l’oreille « . Ses travaux ont porté sur l’anatomie de l’oreille interne et il fait une description très précise de tous les éléments de la caisse du tympan. Il distingue le premier dans le cerveau la substance blanche de la substance grise décrit le centre ovale, les structures du cœur (anneaux de Vieussens, les ventricules cérébraux). Sa réputation lui valut d’être nommé premier médecin de la Duchesse de Montpansier dite la grande Mademoiselle qu’il soigna pendant 5 ans jusqu’à sa mort en septembre 1693.

Antoine Ferrien (1613-1763) fut reçu docteur à la Faculté de Médecine de Montpellier et de Paris. Il exerça successivement les fonctions de professeur de médecine au Collège Royal et de professeur d’anatomie et de chirurgie au Jardin du Roi. Il manifesta de bonne heure un penchant décidé pour les études médicales et pour l’anatomie en particulier. En 1715, il vint à la Faculté de Montpellier où il suivit les leçons de Vieussens et de Deidier, mais il ne s’attacha pas à eux en raison, a-t-il dit, du peu de qualité de leur enseignement. Reçu bachelier en 1716, il alla à Marseille où il obtint d’ouvrir les corps de sujets dont il avait suivi la maladie. Ses dissections furent remarquées et on le pria de faire un cours complet d’anatomie et de chirurgie. En 1728, il revint à Montpellier où il reçut la consécration du doctorat et où il prit la chaire laissée vacante par Astruc. Il quitta définitivement Montpellier et s’en fut à Paris où il ouvrit un cours d’anatomie fort apprécié. En 1742, professeur de médecine au Collège Royal. En 1758, il fut invité à occuper la chaire d’anatomie et de chirurgie, devenue vacante au Jardin du Roi par la retraite de Winslov. Il mit dans ses leçons un ordre remarquable et il eut un grand succès. S’il a assez bien décrit les canalicules excréteurs (1733), il a mal interprété la circulation du foie. Il admet que la veine porte a deux sortes de rameaux : les artériels qui porteraient le sang au foie, et les veineux qui recevraient le sang de l’artère hépatique pour le verser dans la veine porte. Il a essayé de démontrer l’existence des vaisseaux lymphatiques dans le foie.