La Révolution allait changer la face des choses. L’ancienne Université de médecine et le Collège des chirurgiens de Saint Côme, quoique affranchis depuis quelques années de l’administration épiscopale, n’en subissaient pas moins encore l’influence ; aussi la loi du 18 août 1792, qui fut notifiée aux congrégations de Montpellier le 27 septembre, en supprimant les corporations et les associations, supprima également nos deux institutions médicales.

Le 18 août 1792, l’Assemblée Législative en supprimant « sur toute la surface de la République » les associations et corporations, supprimait les deux institutions médicales existantes. Le 14 décembre 1794 (loi du 14 Frimaire An III) la Convention Nationale sur un rapport de Fourcroy, auquel collabora l’illustre Chaussier, constatant que les armées de la République avaient des besoins incessants en médecins et chirurgiens sur les champs de bataille, ordonnait la création de trois Écoles de Santé (dénommées École de Médecine en 1803 et Facultés en 1808) à Paris, Montpellier et Strasbourg.

Les hommes de la Convention avaient compris que, pour avoir des écoles de médecine florissantes, il fallait en réduire le nombre ; que, pour avoir un enseignement complet et puissant, il fallait en centraliser les éléments en trois centres principaux, au lieu de les laisser se disséminer en une multitude d’écoles qui ne pouvaient que vivoter sans grand profit pour la science et pour la patrie. Dans ces nouvelles institutions, comme le fait justement remarquer le docteur Montanier, la théorie est remplacée par des études pratiques, et on se croirait déjà à plusieurs siècles de l’ancienne Université.

Jean Antoine Chaptal (1756-1832) favorisait l’installation de cette école le 22 avril 1775 dans l’ancien monastère St. Benoît et St. Germain où elle se trouva réquisitionnée par la Convention à l’Évêché de Montpellier.