Les conditions de dissection étaient précaires et un effort spécifique a été jugé nécessaire par les responsables administratifs.
Durant cette période Etienne – Frédéric Bouisson (1813-1884) dressera un très beau tableau des progrès de l’anatomie à Montpellier (1836) et dotera en 1868, la Faculté d’un pavillon anatomique digne de sa réputation, et un chirurgien Alquié recommandera l’étude de l’anatomie (1845-46 et 1849-50).

Le succès de l’école pratique fut grand et il ne se départit pas tout au long du XIX siècle. En 1868 leur nombre a notablement augmenté, trente, malgré la grande difficulté toujours à se procurer des cadavres. On du faire appel aux prisons de Montpellier, de Nîmes et d’Aniane, aux détenus du Fort Brescou et même aux bagnards de Toulon. Il faudra encore faire appel aux hôpitaux environnants tant en Languedoc qu’en Provence.

Cet enseignement pratique demandait à ce que l’école disposât de locaux appropriés et suffisamment éclairés. C’est au rez-de-chaussée du bâtiment de façade qu’on aménagea une première salle qui était autrefois la sacristie de la cathédrale. Elle en avait été séparée par la construction d’un mur. Toutefois, cette sacristie commandait l’accès à la galerie claustrale qui, de ce fait avait été aussi incorporée dans le domaine de l’anatomie. Alors que la préparation des leçons se faisait dans la sacristie, les dissections des élèves furent aménagées dans le cloître, ce qui déchaîna de très vives protestations de la part du chapitre de la cathédrale qui ne cessera de réclamer véhémentement la restitution de tous ces locaux, cependant l’impossibilité d’en trouver d’autres dans le cadre même de l’école, fera ajourner toute décision pendant longtemps.

Finalement, la solution sera trouvée par Bouisson qui obtiendra que l’école s’agrandisse le long du boulevard Henri IV au détriment de vieilles maisons qui s’étendaient jusqu’à la tour des pins. Il obtint de la ville les sommes nécessaires et entreprit aussitôt après la construction d’un magnifique pavillon anatomique. Cette réalisation vit le jour en 1868, c’est-à-dire bien après la construction de l’aile nouvelle longeant ce même boulevard et dont le pavillon anatomique sera le prolongement. Avec Bouisson ce sont tous les étudiants de 150 à 180 qui seront désormais admis aux dissections anatomiques. Ce pavillon anatomique devait disparaître sous le décanat de Gaston GIRAUD, remplacé par une plus imposante construction qui, en plus de l’anatomie, accueillera une partie de l’histologie.