La création du musée d’Anatomie est une conséquence de la Révolution. Le 12 août 1792, l’Assemblée Législative en supprimant « sur toute la surface de la République » les associations et corporations, supprimait les deux institutions médicales existantes : Le Collège Royal De Médecine, première faculté créée au milieu du XVe siècle est installée dans un bâtiment exigu, aujourd’hui disparu, près de (l’Église St. Mathieu) et le Collège De Chirurgie (Collège St. Côme) fondé en 1755, grâce aux libéralités de Lapeyronie . Le 4 décembre 1794 (loi du 14 Frimaire An III) la Convention constatant que les armées de la République avaient des besoins incessants en médecins et chirurgiens sur les champs de bataille, ordonnait la création de trois Écoles de Santé (dénommées École de Médecine en 1803, et Facultés en 1808) à Paris, Strasbourg et Montpellier. Jean Antoine CHAPTAL favorisait l’installation de cette école le 22 avril 1975 dans l’ancien monastère St. Benoît et St. Germain (où elle se trouve de nos jours), réquisitionnée par la Convention à l’Évêché de Montpellier.
La loi, considérant l’importance de l’anatomie dans le déroulement des études médicales, créait un « CONSERVATOIRE » comprenant un « Cabinet d’Anatomie, une série d’instruments et d’appareils de chirurgie et une collection d’histoire naturelle médicale ». La direction était confiée à un conservateur chargé de faire annuellement la démonstration des drogues usuelles et des instruments de chirurgie en deux cours distincts ».
Joseph Guillaume Virenque a été le premier conservateur nommé par la loi du 26 Frimaire An III (17 décembre 1794). Onze conservateurs se sont succèdés jusqu’en 1927 date à partir de la quelle la fonction de conservateur fut supprimée et rattachée au Laboratoire d’Anatomie (An III (1794) Joseph, Guillaume Virenque, An X (18O1-1802) Jacques, Philippe, Raymond Draparnaud, An XII (18O3-1804) Joseph Anglada, 1809, Antoine, Simon, Jules Duportal, 1823 Augustin, Gaspard, Emile, René, 1835 François Anselme-Jaumes, 1850 Justin Benoit, 1853 Pierre, Denis, Jules Quissac, 1879 Joseph Grynfelt, 1885 Jean Marie Bimar, 1915 Constant Lapeyre, 1917 Paul. Gilis, 1927 Fonction Supprimée). Les responsables du Musée ont été successivement Professeurs d’Anatomie et de Physiologie : 1794 Ch. L. Dumas, 1813 Lordat, Et Professeurs D’anatomie : 1824 J. M. Dubrueil, 1853 J. Benoit, 1888 V. Paulet, 1896 P. Gilis, 1927 J. Delmas, 1952 G. Laux, 1960 R. Marchal, 1963.M. De Ribet, 1965 P. Rabischong, 1999 F. Bonnel.
Le local primitif octroyé au conservatoire, très exigu, ne possédait aucun matériel chirurgical. Les chirurgiens de ST. Côme, intégrés dans le personnel enseignant, n’avaient rien amené avec eux et il n’y avait aucune collection car l’ancien Collège Royal de Médecine ne possédait pas de musée anatomique. L’absence de moyens financiers rendait impossible tout achat, malgré les demandes réitérées de fonds à Paris. Devant cette situation de détresse qui obligeait, dès le 22 Germinal An III (11 avril 1795) « les professeurs de médecine opérante de suspendre leurs cours de bandages, faute de linge et d’un mannequin » , la commission exécutive de l’instruction publique ordonna au conservateur du musée de Paris de procurer au Conservatoire Montpelliérain (qui en avait le plus pressant besoin) les instruments de chirurgie qui se trouvaient en double dans la collection de son école. Le 28 Frimaire An VII (18 décembre 1798), l’École de Médecine demandait à Paris 2 000 francs pour l’achat d’instruments chirurgicaux « attendu qu’à l’exception de deux boites pour les amputations, de deux pour le trépan et d’une pour la fistule lacrymale, tous les autres instruments envoyés par le directeur de l’école de Paris sont plus propres à meubler les ateliers d’un artisan qu’un arsenal de chirurgie.
Le conservatoire acquit en juin 1795, la collection anatomique provenant de la succession du savant Joubert et en particulier « l’écorché de Houdon » aujourd’hui placé dans le grand escalier (4 septembre 1797). Trois prosecteurs de l’école : F. Laborie, F. Putingon et B. Delmas, (célèbre obstétricien) offraient en 1798 plusieurs pièces magnifiques d’anatomie normale et pathologique.
L’enrichissement rapide des collections est la conséquence de la décision de l’école de Médecine en octobre 1798 qui stipulait que » nul élève, ne peut être admis aux examens définitifs à moins qu’il n’ait présenté une pièce anatomique naturelle ou artificielle pour être déposée au Conservatoire ».
Le 23 Germinal An XI (14 avril 1803), Chaptal (ministre de l’intérieur), fit acheter par le gouvernement et adresser au musée de l’école plusieurs pièces anatomiques réalisées par F. Fontana, Conservateur du Musée du Palais du Duc de Toscane et célèbre cérulo-plasticien.
La même année, le conservateur Joseph Anglada achetait la collection de poissons de mer du sud, des côtes de la Jamaïque et d’Angleterre provenant de la succession d’A. Broussonnet. Cuvier (célèbre paléontologiste) obtint qu’une partie lui soit envoyée, en échange de reproductions en plâtre de ces animaux fossiles.
Le 23 Germinal An XII, (14 avril 1804) Laumonier de Rouen adressait ses premières pièces anatomiques en cire. Grâce à Chaptal, B. Delmas (Chef de travaux en 1811) put se rendre auprès de ce maître rouennais pour apprendre l’art de modeler la cire et réalisa deux très belles pièces : un écorché d’enfant de 2 ans sur lequel apparaît très lisible, le système lymphatique et plus tard, celui d’un adulte avec tout l’appareil musculaire. »
L’exiguïté du Conservatoire et l’humidité du local contribuant à altérer les préparations anatomiques, il était transféré le 1er juillet 1817 dans une salle plus grande « au rez-de-chaussée de l’aile occidentale qui conserva longtemps le nom d’ancien Conservatoire ». Aux dissections obtenues par les concours, s’ajoutèrent des préparations d’anatomie pathologique offertes par de célèbres chirurgiens (Delpech, Lallemand, Dubreuil, Dugès, Bouisson) et des modèles en cire ou en plâtre provenant de cas pathologiques observés en milieu hospitalier . François Jaumes, (Conservateur) grâce à l’obtention par le ministre de l’instruction publique, d’une somme substantielle, achetait en 1842, 69 pièces d’anatomie pathologique en carton pâte exécutées par le Dr Thibert (montrant diverses lésions du cerveau, des voies respiratoires, des appareils digestifs et génito-urinaires etc.). En 1848, fut déposée la collection du Cabinet Dupont avec des préparations anatomiques, en cire, révélant des lésions cancéreuses ainsi que tous les aspects possibles de la maladie vénérienne .
Dans l’impossibilité d’accueillir toutes les richesses anatomiques adressées, la Faculté demandait à plusieurs reprises au Ministre la construction d’un grand local plus adapté ; sous la férule du Recteur Thory et du Préfet Rouleaux-Dugage, un plan du nouveau conservatoire, établi par l’architecte Alric était déposé au ministre Salvandy. La Chambre des députés accordait (en 1847) la somme de 158 064 fr. pour sa construction et la ville de Montpellier 20 000 fr. Le bâtiment fut construit sur l’emplacement des anciens remparts (détruits le 29 Prairial An V (18 juin 1797) le long du boulevard Henri IV, dans un style imitant la façade principale et achevé en 1851.